Aksaray Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Eğitim Fakültesi ve İktisadi İdari Bilimler Fakültesi olmak üzere dört  adet Fakülte ile eğitim öğretim hizmetlerini sürdürmektedir.

          Fen Edebiyat Fakültesi Niğde Üniversitesi’ne bağlı olarak 05.11.1999 tarih ve 23867 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan, 23.10.1999 tarih ve 99/13483 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur. Aksaray Üniversitesi’nin kurulmasıyla birlikte 17 Mart 2006 tarihinde yayınlanan 5467 sayılı kanunun ek 64. maddesi ile değiştirilerek Aksaray Üniversitesi’ne bağlanmıştır.

         Mühendislik Fakültesi, Niğde Üniversitesi’ne bağlı olarak 03.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanunla kurulmuştur. Aksaray Üniversitesi’nin kurulmasıyla birlikte 17 Mart 2006 tarihinde yayınlanan 5467 sayılı kanunun ek 64. maddesi ile değiştirilerek Aksaray Üniversitesi’ne bağlanmıştır.

          Eğitim Fakültesi; Milli Eğitim Bakanlığının 06.08.1998 tarih ve 21175 sayılı kanunu üzerine, 2809 sayılı kanunun EK 30. maddesine göre 10.08.1998 tarihinde 98/11908 kararla Niğde Üniversitesi’ne bağlı olarak kurulmuş olup 17 Mart 2006 tarihli Resmi Gazetede yayınlanan 5467 sayılı kanun ile Aksaray Üniversitesi’ne bağlanmıştır.

          İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi 1992 yılında 3837 Sayılı Kanun'la kurulan Niğde Üniversitesi bünyesinde Eğitim-Öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Eğitim-Öğretimini ilk yıllarda kredi yurtlar kurumu öğrenci yurdunda daha sonraları Mühendislik Fakültesinin binasında 1996 yılına kadar Eğitim-Öğretimini sürdürmüştür. Fakülte 17 Mart 2006 tarihli Resmi Gazetede yayınlanarak 5467 sayılı kanunla kurulan Aksaray Üniversitesine bağlanmıştır.