Aksaray Üniversitesi Fen Bilimleri ve Sosyal Bilimler Ensititüleri olmak üzere lisansüstü eğitim öğretim hizmetlerini sürdürmektedir.

Fen Bilimleri Enstitüsü, Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu, Yükseköğretim Kanunu, Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu, Telsiz Kanunu ve 78 ve 190 sayılı kanun hükmünde kararnamelerde değişiklik yapılması hakkındaki 01.03.2006 tarih ve 5467 sayılı kanunun 1. maddesi ile 28.03.1983 tarih ve 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununa ilave edilen Ek 64. madde ile Aksaray Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak kurulmuştur. 06.08.2008 tarihinde Kurucu Müdürün atanmasıyla Fen Bilimleri Enstitüsü akademik anlamda faaliyete geçerek üniversite bünyesinde lisansüstü düzeyinde eğitim-öğretim ve yapılanma çalışmalarına başlamıştır.

Sosyal Bilimler Enstitüsü, Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu, Yükseköğretim Kanunu, Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu, Telsiz Kanunu ve 78 ve 190 sayılı kanun hükmünde kararnamelerde değişiklik yapılması hakkındaki 01.03.2006 tarih ve 5467 sayılı kanunun 1. maddesi ile 28.03.1983 tarih ve 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununa ilave edilen Ek 64. madde ile Aksaray Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak kurulmuştur. 06.08.2008 tarihinde Kurucu Müdürün atanmasıyla Sosyal Bilimleri Enstitüsü akademik anlamda faaliyete geçerek üniversite bünyesinde lisansüstü düzeyinde eğitim-öğretim ve yapılanma çalışmalarına başlamıştır.